У научном пољу , метилен плаво је познато као метилтионин хлорид, то је боја која се користи као боја за пигментацију неких делова тела особе, пре или током операције. Лекари га у основи користе као антисептик и као интерни каутеризатор.
Такође се користи као боја у мрљама за посматрање микроскопом и за бојење резултата у лабораторијама, јер има способност бојења урина и фекалија. Коначно, користи се и у лечењу за смањење метхемоглобина. Међу његовим карактеристикама је то што је елемент састављен од кристала, јарке тамно зелене боје, нема мирис и не мења се ваздухом.
Може се лако растворити у води и разборито у алкохолу, а када дође у контакт са њима, његова боја прелази у тамноплаву, користи се и за борбу против гљивица на ноктима, може се користити и за фарбање беле одеће почиње да постаје жућкаст.
У аквакултури се широко користи за лечење инфекција тропских риба, врло је ефикасан у борби против протозојског паразита, који је узрочник инфекција код риба. У основи се користи за негу јаја која су рибе недавно положиле, тако да их не заразе никакве бактерије или гљивице, врло је корисно ако желите вештачки инкубирати јаја. Људи могу купити метилен плаво без рецепта, обично се користи као локални антисептик.
