Катакомбе су настале у вези са римским катакомбама, именом првобитно дато древном гробљу које се налазило недалеко од Апијског пута. Гробље невиних (близу Саинт-Еустацхе, у области Лес Халлес) је био у употреби скоро десет векова и постала извор од инфекције за локално становништво. Након бројних жалби, Државно веће је 9. новембра 1785. одлучило да забрани накнадно коришћење Гробља невиних и елиминише његов садржај.
Отпуштени каменоломи изабрани су да приме остатке; град Париз је управо завршио општу инспекцију каменолома за јачање јавне путеве умањили од њих. Грађевински радови изведени су у каменолому „Томбе-Иссоире“, користећи велике количине камена, ојачавајући галерије и довршавајући ископавање степеништа, окруженог окном у који су кости могле да се баце.
Пренос остатака могао је започети након благослова и освећења места 7. априла 1786. године и наставио се до 1788. године, увек у сумрак и после церемоније у којој је поворка свештеника у сурплице певала службу мртвих. на путу кочијама натовареним костима, које су биле прекривене црним велом. Затим, до 1814. године, локалитет је добио остатке свих гробља у Паризу.
Постојали су и други разлози који су довели до избора подземних ископа. У хришћана, осећај заједништва је живео са великом силом: они су хтели да будемо заједно у " сањају о смрти ".
Према римском закону, сахрањивање покојника унутар градских зидина било је забрањено, све катакомбе су се налазиле дуж великих конзуларних путева и, уопште, у предграђима тог доба.
Паришке катакомбе поново су отворене 14. јуна 2005. године, након вишемесечног затварања за изградњу. Осветљење је прилагођено, сводови ојачани, а коштани зидови постављени.
