Они представљају спој две или више аминокиселина кроз везу између оригинала и пептида. У производима и у протеинима, ове везе су повезане са пептидним везама и резултат реакције карбоксилне групе, са амино групом друге, уз уклањање молекула воде.
Пептидна веза (-ЦО-НХ-) обично представљени као једноструке везе. Без тога, има низ карактеристика које се приближавају двострукој вези. Будући да је азот мање електронегативан од кисеоника, ЦО веза има 60% карактер двоструке везе, док је ЦН веза 40%. Према томе, ЦО и НЦ везе пептидне везе имају средње карактеристике између једноструке и двоструке везе. У ствари, међуатомска растојања измерена у ЦО и ЦН везама су посредници између појединачних веза и двоструке везе. Овај атомски аранжман је стабилизован резонанцом, тако да је шест атома који учествују у стварању пептидне везе садржано у истој равни.
Друга важна последица резонанце је да она повећава поларитет пептидне везе и успоставља диполни моменат (десна слика у горњој табели). Из тог разлога, свака пептидна веза може учествовати у две водоничне везе. У једном од њих -НХ- група делује као донор водоника, а у другом -ЦО- група делује као рецептор водоника. Ово својство значајно доприноси тродимензионалном пресавијању протеина, као што ћемо видети касније.
Делимична Природа двоструке везе спречава слободан ротацију везе која спаја атоме Ц и Н у пептидне везе. Ова крутост двоструке везе ограничава конформационе могућности пептида. Постоје две могуће конфигурације:
- Цис конфигурација: два Ца су на истој страни двоструке везе.
- Транс конфигурација: два Ца су на другој страни двоструке везе.
Треба напоменути да је, уопште, пептидна веза представљена као једнострука веза. У сваком случају, има неколико карактеристика због којих је блиска двострукој вези. Због тога специјалисти углавном спомињу да пептидна веза има својства која је постављају на пола пута између једноструке и двоструке везе.
