Овај појам има различите концепте, сваки ће зависити од научне специјалности у којој се примењује. На пример, у биологији је епигенеза стара теорија о механизму којим се развијају људска бића, односно ембрион се развија полазећи од још увек неразликоване зиготе, што показује одсуство минијатурних елемената, органа који су већ присутни у полним ћелијама.
Ова теорија је у супротности са теоријом преформације, која каже да еволуција ембриона представља раст организма који је већ био створен. Међутим , према епигенези, органи који чине ембрион настају ниоткуда, путем подстицаја изведених из околине.
Ова теорија тумачи механизам коначног подешавања, помоћу којег је свако биће ефикасно повезано са својим окружењем, полазећи од капацитета укључених у његово генетско кодирање. Будући да су гени углавном део помало компликоване мреже интеракција које одржавају повратне информације. И зато, они не поступају независно.
Кроз историју је увек било расправе која епигенетску теорију суочава са преформацијом. Међутим, преформационизму долази крај, истог тренутка када је технологија успела да покаже епигенетско порекло органа. Треба додати да је ова расправа била једна од најистакнутијих икада виђених, одржана је током деветнаестог века.
Сада, у области минералогији, термин Епигенеза се користи да означи модификације хемијске природе на минерала, без потребе да мења своју структуру.
