Порекло микроскопа дато је у то што су древни људи знали да је гледање кроз закривљена огледала или стаклене сфере водом увећавало мале ствари. Тада су прве деценије седамнаестог века почеле да врше испитивања сочивима како би се постигло веће увећање предмета. Због тога су се заснивали на првом инструменту направљеном од сочива који су постигли велики успех „ телескоп “ који је први пут у астрономске сврхе употребио Галилео 1609. године.
Почетком 20. века производња овог производа била је концентрисана углавном у Немачкој, а наредних година развили су се контраст, флуоресценција, холографија, интерференција, рендгенски зраци, ултраљубичасто светло, методе са електронима и протонима. Компјутеризовани микроскопи су такође развијени за квантификацију, квантификацију и тродимензионалну анализу, ови инструменти су отворили многа поља у области микроскопије. Од 1660. године до данас, оптички микроскоп је основни стуб за проучавање невидљивог. Иако се његова резолуција временом повећавала са побољшањем квалитета сочива као и моћи повећања.
У 1930. микроскопскијим свет је проширен са стварањем електронског микроскопа чија је главна разлика у односу оптичким микроскопом је повећање од 1000 пута више у фази увећања посматраног материјала, уз већу резолуцијом капацитетом генерисање бољу дефиницију и увећања у граду микроскопски свет.
Постоје две врсте основних електронских микроскопа, обе су измишљене истовремено, али испуњавају различите функције, а то су:
- Трансмисиони електронски микроскоп (МЕТ): одговоран је за пројектовање електрона кроз танак слој материјала или ткива које треба посматрати, одражавајући слику на фосфоресцентном екрану.
- Скенирајући електронски микроскоп (СЕМ): ово даје слику која даје утисак да је у три димензије. Овај микроскоп користи три или две тачке у које стижу електрони узорка за скенирање површине узорка који треба посматрати.
Већина пионира електронске микроскопије у биологији је и даље жива, а најважнији су: Алберт Клод, Еарнест Фуллам, Дон Фавцетт, Цхарлес Леблонд, Јохн Луфт, Даниел Пеасе, Кеитх Портер и Георге Паладе.
