Бактерије су један од најзанимљивијих микроорганизама у оквиру свих оних који се проучавају из микробиологије. Истраге којима су ова микроскопска и једноћелијска бића протагонисти, углавном имају директан утицај на различита подручја од интереса за науку и све врсте људских активности, од медицине до пољопривреде.
Ако узмемо у обзир исхрану прокариота, проналазимо све могућности присутне у живим бићима. Није изненађујуће што су бактерије први организми присутни на Земљи и у милијардама година које су еволуирале прилагодиле су се свим могућим средствима и облицима исхране.
Хетеротрофи, већина прокарионтских ћелија је хетеротрофна. Односно, храну добијају уграђивањем органске материје коју формирају друга жива бића. Међу њима је највише сапрофита, што значи да се хране мртвом органском материјом и на тај начин доприносе рециклирању те материје у екосистемима.
Могу да изврше аеробне катаболизме - уз употребу кисеоника - и анаеробне, ферментацијом, од којих су многе корисне за нашу индустрију.
Постоје хетеротрофне бактерије које живе повезане са другим организмима, на обострану корист, па би биле симбиотске. Јасан пример је бактерија Есцхерицхиа цоли, која живи у цревном тракту човека. Многи биљоједи могу искористити целулозу захваљујући микробиолошкој флори у својим пробавним трактима који садрже ензим целулазу. Друга симбиоза је она код неких биљака са бактеријама које фиксирају атмосферски азот (Рхизобиум) у којима биљка искориштава део азота фиксиран од стране бактерија, што заузврат искориштава део биљног шећера.
Многи други су паразити, они искоришћавају органску материју тог другог живог бића узрокујући јој губитак; ово је случај са свим патогеним бактеријама које узрокују болест. Неки патогени (кламидија, рахитис и неке микоплазме) поједноставили су своју структуру и могу се размножавати само у другој ћелији: они су обвезни паразити.
Унутар егзотичне групе миксобактерија, врсте клизавих бактерија које имају способност агрегације неколико ћелија да би формирале структуре које им омогућавају миграцију, укључују неке који су предатори других бактерија.
Бактерије се хране тим ресурсима и, као што смо приметили, њихове стратегије преживљавања су веома разноврсне. Без сумње, сви су пример еволуционе адаптације током историје и тако су и данас, имају фундаменталну улогу у природи и животним циклусима наше планете.